内視鏡部は、長崎市立市民病院時代の昭和50年当時、内科外来に隣接する小さな、いわゆる“内視鏡室”としてスタートしました。平成7年に5階南病棟の一角に移転し、現在の内視鏡部が誕生しました。
その後平成26年2月に長崎みなとメディカルセンター市民病院が開院し、現在は2階フロアに位置しています。
内視鏡部では、主に消化器と呼吸器の内視鏡の診断ならびに治療を行っています。
新病院が完成して内視鏡室は通常の検査台が3台（うち1台は治療内視鏡のための広い部屋）に増えました。それぞれの検査室が個室となっており、静かな環境で検査を受けていただけるようになりました。透視室も併設しており内視鏡的逆行性胆管膵管造影（ERCP）もそこで行えるため、スコープ等の機器を運搬する必要がなくなり、効率よく仕事が出来るようになっています。超音波内視鏡（EUS）も導入され、EUS下の診断、処置も行えるようになりました。
月、火、水、金曜日が消化器内視鏡検査で、木曜日が気管支内視鏡検査を行っています。火、水、木曜日の午後は内視鏡治療（ESD）を行っています。膵、胆道系の治療は緊急で入ることが多く、午前の検査終了後に行っています。
検査が非常に多くなる日もありますが、スタッフ一同協力して安全に検査が行えるよう努力しています。
2013年度実績
| 上部消化管内視鏡 | 2,266件 | 経皮的ラジオ波凝固(RFA) | 92件 |
|---|---|---|---|
| 下部消化管内視鏡 | 1,222件 | 内視鏡的胃瘻造設(PEG) | 13件 |
| ERCP | 220件 | 肝生検 | 28件 |
| 内視鏡的粘膜剥離術（ESD） | 58件 | 総胆管結石除去（EST/EPBD） | 108件 |
| 内視鏡的粘膜切除（EMR）/ポリペクトミー | 206件 | 胆道ステント留置 | 88件 |
| 内視鏡的消化管止血 | 65件 |
近年の呼吸器・消化器疾患の増加に伴い、内視鏡検査（診察も含む）の件数も増加しており、また治療も高度化しています。
このような中で、研修医の指導、内視鏡医の育成に全力をつくし、患者さんには安全でかつ最良の医療を提供できるように頑張っています。
