当院の呼吸器内科は長崎市内の呼吸器診療における基幹施設です。呼吸器感染症、間質性肺疾患、アレルギー性肺疾患、肺腫瘍、呼吸管理とすべての領域における専門医がそろい、あらゆる呼吸器疾患の受け入れが可能です。（肺結核は平成28年度からの受け入れ可能）
　近年は呼吸器内科の領域においても高度な専門分化が進み、呼吸器疾患の中での特定の分野の診療に特化している医師や施設も少なくありませんが、当科スタッフの目標は呼吸器内科のgeneralistとして存在することであり、その目標に向かい日々努力しています。
　受診していただく方に、常に最新でスタンダードな診断治療が提供できるよう、日常診療はもちろんのこと、学会活動、論文執筆に関しても積極的に行っています。
　総合病院ならではの他科との連携の良さも当院の特徴で、特に肺腫瘍に関しては放射線科、病理診断科、呼吸器外科、緩和ケアチームとの意見交換で、個々の患者に対して最適な治療法の選択を行なうことが可能となっています。

　当科の目標は呼吸器分野での総合診療であり、呼吸器内科スタッフはすべて呼吸器疾患全般にわたる診療を行っています。また予防的見地から禁煙外来も併設しています。すべてのスタッフはこれらの対応が可能ですが、スタッフ紹介欄を見ていただければおわかりいただけますように、特に専門とする領域を各自が持っており、これについても紹介させていただきます。
　感染症の分野では、抗菌薬の適正使用のための啓蒙活動を行うとともに、院内他科からの感染症コンサルテーションを受け、院内全体が感染症に関しての標準的な検査、診断、抗菌薬治療ができるよう、インフェクションコントロールチームの中核としての仕事を受け持っております。また、2020年4月以降、第2種感染症指定医療機関としての新型コロナウイルス感染症の診断・治療も行っています。
　アレルギー性肺疾患の分野では、呼吸器慢性疾患の中で最大の頻度を有する成人気管支喘息の日常管理、重症例難治例の治療、特異的減感作療法を行っております。ハチアレルギー患者に対してのエピネフリン自己注射の導入、管理についても対応可能です。間質性肺疾患の領域では、気管支肺胞洗浄を積極的に行い、その結果でより適切な治療法選択できる体制をとっております。