がん診療連携拠点病院は、がん診療の均てん化（地域間の診療レベルの格差を無くし質の高いがん医療を提供）のために、地域におけるがん診療連携を推進するために中核となる病院です。厚生労働省が、都道府県からの推薦を受け、整備指針に基づき指定します。長崎県内では、長崎大学病院が「都道府県がん診療連携拠点病院」に指定され、当院を含む５つの医療機関が「地域がん診療連携拠点病院」に指定されています。当院は平成14年12月に、がん診療拠点病院の指定を受け、平成22年3月3日付で厚生労働大臣より「地域がん診療連携拠点病院」として指定されました。